:root {
  --bg:        #f4f6f9;
  --surf:      #ffffff;
  --surf2:     #f8f9fb;
  --border:    #dde2ea;
  --border2:   #c5cdd8;

  --text:      #1c1f26;
  --text2:     #3a4151;
  --muted:     #68748a;
  --muted2:    #96a0b0;

  --blue:      #1a5fa8;
  --blue-h:    #154e8c;
  --blue-lt:   #e8f0fb;
  --blue-md:   #3b7dd8;

  --green:     #1c6e41;
  --green-lt:  #e6f4ec;
  --red:       #b01c1c;
  --red-lt:    #fdf0f0;
  --amber:     #a05c07;
  --amber-lt:  #fdf6e8;
  --orange:    #c94a0c;
  --purple:    #5340a8;

  --font:  'Inter', -apple-system, BlinkMacSystemFont, 'Segoe UI', sans-serif;
  --mono:  'JetBrains Mono', 'Fira Code', 'Consolas', monospace;

  --hdr-h: 52px;
  --lp-w:  304px;
  --r:     5px;
  --r-sm:  3px;
}

*, *::before, *::after { box-sizing: border-box; margin: 0; padding: 0; }

html, body {
  height: 100%;
  background: var(--bg);
  color: var(--text);
  font-family: var(--font);
  font-size: 13px;
  line-height: 1.55;
  overflow: hidden;
  -webkit-font-smoothing: antialiased;
  text-rendering: optimizeLegibility;
}

/* ── Header ───────────────────────────────────────────────── */
.hdr {
  display: flex;
  align-items: center;
  gap: 12px;
  padding: 0 18px;
  height: var(--hdr-h);
  background: var(--surf);
  border-bottom: 1px solid var(--border);
  position: sticky; top: 0; z-index: 200;
}
.hdr-logo  { width: 30px; height: 30px; flex-shrink: 0; }
.hdr-brand { line-height: 1; }
.hdr-title {
  font-size: 19px; font-weight: 700;
  color: var(--blue); letter-spacing: .05em;
}
.hdr-sub {
  font-size: 10px; color: var(--muted);
  margin-top: 2px; letter-spacing: .03em;
}
.hdr-nav {
  margin-left: auto;
  display: flex; align-items: center; gap: 10px;
}
.hdr-badge {
  font-size: 10px; color: var(--blue);
  background: var(--blue-lt);
  border: 1px solid #c0d4f0;
  border-radius: 20px; padding: 2px 10px;
  white-space: nowrap; letter-spacing: .03em;
  text-decoration: none;
}

/* ── Layout ───────────────────────────────────────────────── */
.layout {
  display: grid;
  grid-template-columns: var(--lp-w) 1fr;
  height: calc(100vh - var(--hdr-h));
  overflow: hidden;
}

/* ── Left panel ───────────────────────────────────────────── */
.lp {
  border-right: 1px solid var(--border);
  overflow-y: auto;
  display: flex; flex-direction: column;
  background: var(--surf);
}
.sec {
  border-bottom: 1px solid var(--border);
  padding: 13px 15px;
}
.sec-log { flex: 1; }
.sec-lbl {
  font-size: 9.5px; font-weight: 600;
  letter-spacing: .08em; text-transform: uppercase;
  color: var(--muted); margin-bottom: 9px;
  display: flex; align-items: center; gap: 7px;
}
.sec-lbl::after {
  content: ''; flex: 1; height: 1px; background: var(--border);
}

/* ── Drop zones ───────────────────────────────────────────── */
.dz {
  border: 1.5px dashed var(--border2);
  border-radius: var(--r);
  padding: 13px 11px; text-align: center;
  cursor: pointer;
  transition: border-color .18s, background .18s;
  position: relative;
  background: var(--surf2);
}
.dz input[type=file] {
  position: absolute; inset: 0;
  opacity: 0; cursor: pointer;
  width: 100%; height: 100%;
}
.dz:hover, .dz.over {
  border-color: var(--blue); background: var(--blue-lt);
}
.dz.ok {
  border-style: solid;
  border-color: var(--green); background: var(--green-lt);
}
.dz-icon  { font-size: 19px; margin-bottom: 4px; }
.dz-hint  { font-size: 11px; color: var(--muted); line-height: 1.6; }
.hint-sub { font-size: 10px; color: var(--muted2); }
.dz-name  {
  font-size: 11px; font-weight: 600; color: var(--green);
  margin-top: 5px; word-break: break-all;
}
.dz-stats { font-size: 10px; color: var(--muted); margin-top: 2px; }

/* GMT download link */
.gmt-download-note { margin-top: 7px; text-align: center; }
.gmt-download-note a {
  font-size: 10px; color: var(--blue); text-decoration: none;
  padding: 3px 8px; border: 1px solid var(--border);
  border-radius: var(--r-sm); display: inline-block;
  transition: all .15s;
}
.gmt-download-note a:hover {
  background: var(--blue-lt); border-color: var(--blue);
}

/* ── Form ─────────────────────────────────────────────────── */
.fg { margin-bottom: 9px; }
.fl {
  display: block; font-size: 11px;
  font-weight: 500; color: var(--text2); margin-bottom: 3px;
}
.fl-note { font-size: 10px; font-weight: 400; color: var(--muted); }
.fi {
  width: 100%; background: var(--surf);
  border: 1px solid var(--border);
  border-radius: var(--r-sm);
  color: var(--text); font-family: var(--font);
  font-size: 12px; padding: 5px 8px;
  outline: none;
  transition: border-color .18s, box-shadow .18s;
}
.fi:focus {
  border-color: var(--blue);
  box-shadow: 0 0 0 3px rgba(26,95,168,.1);
}
select.fi          { cursor: pointer; }
select.fi[multiple]{ height: auto; }

/* ── Pathway mode tabs ────────────────────────────────────── */
.pm-tabs { display: flex; gap: 3px; }
.pm-tab {
  flex: 1; font-family: var(--font);
  font-size: 11px; font-weight: 500;
  padding: 5px 4px;
  border: 1px solid var(--border);
  border-radius: var(--r-sm);
  background: var(--surf2); color: var(--muted);
  cursor: pointer; transition: all .15s;
}
.pm-tab:hover  { border-color: var(--blue); color: var(--blue); }
.pm-tab.active { background: var(--blue); border-color: var(--blue); color:#fff; }

/* ── Buttons ──────────────────────────────────────────────── */
.btn-run {
  width: 100%;
  background: var(--blue); color: #fff;
  font-family: var(--font); font-size: 13px;
  font-weight: 600; letter-spacing: .04em;
  border: none; border-radius: var(--r);
  padding: 8px; cursor: pointer;
  transition: background .15s, box-shadow .15s, transform .1s;
  margin-top: 2px;
}
.btn-run:hover:not(:disabled) {
  background: var(--blue-h);
  box-shadow: 0 2px 8px rgba(26,95,168,.28);
  transform: translateY(-1px);
}
.btn-run:active:not(:disabled) { transform: translateY(0); }
.btn-run:disabled {
  background: var(--border); color: var(--muted2); cursor: not-allowed;
}

.btn-secondary {
  font-family: var(--font); font-size: 11px; font-weight: 500;
  background: var(--surf2);
  border: 1px solid var(--border);
  color: var(--text2);
  border-radius: var(--r-sm); padding: 5px 11px;
  cursor: pointer; transition: all .15s;
  display: inline-flex; align-items: center; gap: 4px;
}
.btn-secondary:hover {
  border-color: var(--blue); color: var(--blue);
  background: var(--blue-lt);
}
.btn-secondary:disabled {
  opacity: .55; cursor: not-allowed;
}
.btn-secondary.full {
  width: 100%; justify-content: center; margin-bottom: 7px;
}
.btn-sm { font-size: 10.5px; padding: 4px 9px; }

.btn-abort:not(:disabled):hover {
  border-color: var(--red); color: var(--red); background: var(--red-lt);
}

/* ── Button rows ──────────────────────────────────────────── */
.btn-row           { margin-top: 2px; }
.btn-row-secondary { display: flex; gap: 6px; margin-top: 6px; }
.btn-row-secondary .btn-secondary { flex: 1; justify-content: center; }

/* ── Progress ─────────────────────────────────────────────── */
.prog-wrap { margin-top: 10px; }
.prog-hdr {
  display: flex; justify-content: space-between;
  font-size: 10px; color: var(--muted); margin-bottom: 4px;
}
.prog-bg {
  height: 4px; background: var(--border);
  border-radius: 99px; overflow: hidden;
}
.prog-fill {
  height: 100%;
  background: linear-gradient(90deg, var(--blue), var(--purple));
  width: 0%; transition: width .1s linear;
  border-radius: 99px;
}
.prog-msg {
  font-size: 10px; color: var(--muted);
  margin-top: 4px; min-height: 14px;
  font-family: var(--mono);
}

/* ── Log ──────────────────────────────────────────────────── */
.log {
  font-family: var(--mono); font-size: 10px;
  color: var(--muted); max-height: 110px;
  overflow-y: auto; line-height: 2;
}
.log p      { margin: 0; }
.log .ok    { color: var(--green); }
.log .warn  { color: var(--amber); }
.log .err   { color: var(--red); }

/* ── Right panel ──────────────────────────────────────────── */
.rp {
  overflow-y: auto; padding: 20px 22px;
  background: var(--bg);
}

/* ── Empty state & Central Demo ───────────────────────────── */
.empty-state {
  display: flex; flex-direction: column;
  align-items: center; justify-content: center;
  min-height: 420px;
  height: calc(100vh - var(--hdr-h) - 40px);
  text-align: center;
}
.empty-h {
  font-size: 17px; font-weight: 600;
  color: var(--text2); margin-bottom: 10px;
}
.empty-p { font-size: 13px; color: var(--muted); line-height: 2.1; }

.empty-action {
  margin-top: 32px;
  padding: 24px;
  background: var(--surf);
  border: 1px dashed var(--border2);
  border-radius: var(--r);
  display: flex; flex-direction: column; align-items: center;
  transition: border-color .2s;
  max-width: 340px; width: 100%;
}
.empty-action:hover {
  border-color: var(--blue);
}
.btn-demo-large {
  background: #fff; color: var(--blue);
  border: 1.5px solid var(--blue);
  font-family: var(--font); font-size: 13px; font-weight: 600;
  border-radius: var(--r); padding: 9px 24px;
  cursor: pointer; transition: all .15s; width: 100%;
  box-shadow: 0 2px 6px rgba(26,95,168,.08);
}
.btn-demo-large:hover {
  background: var(--blue-lt); transform: translateY(-1px);
  box-shadow: 0 4px 12px rgba(26,95,168,.12);
}
.demo-note-center {
  font-size: 11px; color: var(--muted); line-height: 1.6;
  margin-top: 12px; text-align: center;
}

/* ── Results toolbar ──────────────────────────────────────── */
.res-toolbar {
  display: flex; align-items: center;
  justify-content: space-between;
  margin-bottom: 12px; flex-wrap: wrap; gap: 8px;
}
.res-toolbar-left,
.res-toolbar-right {
  display: flex; align-items: center; gap: 10px; flex-wrap: wrap;
}
.res-count { font-size: 14px; font-weight: 600; color: var(--text); }
.toggle-lbl {
  font-size: 11px; color: var(--muted); cursor: pointer;
  display: flex; align-items: center; gap: 5px; user-select: none;
}
.toggle-lbl input { cursor: pointer; accent-color: var(--blue); }

/* ── FDR note ─────────────────────────────────────────────── */
.fdr-note {
  font-size: 11px; color: var(--amber);
  background: var(--amber-lt);
  border: 1px solid #e8c97a;
  border-radius: var(--r-sm);
  padding: 7px 11px; margin-bottom: 10px; line-height: 1.7;
}

/* ── Table ────────────────────────────────────────────────── */
.tbl-wrap {
  background: var(--surf);
  border: 1px solid var(--border);
  border-radius: var(--r);
  overflow: auto; max-height: 400px;
}
table.rt { width: 100%; border-collapse: collapse; font-size: 12px; }
table.rt th {
  position: sticky; top: 0; z-index: 2;
  background: var(--surf2); text-align: left;
  padding: 8px 10px; font-size: 10px;
  font-weight: 600; letter-spacing: .06em;
  text-transform: uppercase; color: var(--muted);
  border-bottom: 1px solid var(--border);
  white-space: nowrap;
}
table.rt th.sortable        { cursor: pointer; }
table.rt th.sortable:hover  { color: var(--blue); }
table.rt th.sort-asc  .si::after { content: ' ▲'; font-size: 8px; }
table.rt th.sort-desc .si::after { content: ' ▼'; font-size: 8px; }
table.rt td {
  padding: 7px 10px;
  border-bottom: 1px solid var(--border);
  vertical-align: middle; white-space: nowrap;
}
table.rt tbody tr:last-child td { border-bottom: none; }
table.rt tbody tr:hover td      { background: #f0f5fd; }
table.rt tbody tr.sel  td       { background: #dbeafe; }

td.cn { color: var(--muted); font-size: 11px; }

td.cpname {
  max-width: 280px;
  overflow: hidden;
}
.path-name-btn {
  display: inline-block;
  max-width: 150px;
  overflow: hidden;
  text-overflow: ellipsis;
  white-space: nowrap;
  vertical-align: middle;
  cursor: pointer;
  color: var(--blue);
  font-weight: 500;
  font-size: 12px;
}
.path-name-btn:hover { text-decoration: underline; }

/* Inline action buttons in name cell */
.btn-plot {
  font-size: 14px;
  padding: 1px 4px;
  cursor: pointer;
  background: none; border: none;
  color: var(--muted2);
  border-radius: 2px;
  transition: color .12s;
  vertical-align: middle; line-height: 1;
  flex-shrink: 0;
}
.btn-plot:hover { color: var(--blue); }

.btn-msigdb {
  font-size: 10px; color: var(--blue);
  text-decoration: none;
  padding: 1px 5px;
  border: 1px solid var(--border);
  border-radius: var(--r-sm);
  margin-left: 3px;
  white-space: nowrap;
  vertical-align: middle;
  display: inline-block;
  transition: background .12s;
  flex-shrink: 0;
}
.btn-msigdb:hover { background: var(--blue-lt); }

/* Number / p-value cells */
.num {
  font-family: var(--mono); font-size: 11.5px;
  font-variant-numeric: tabular-nums;
}
.num.pos { color: var(--green); }
.num.neg { color: var(--red); }
.num.neu { color: var(--text2); }

.pv {
  font-family: var(--mono); font-size: 11.5px;
  font-variant-numeric: tabular-nums;
}
.pv.s05  { color: var(--amber); }
.pv.s01  { color: var(--red); font-weight: 500; }
.pv.s001 { color: var(--red); font-weight: 700; }

.fv { font-family: var(--mono); font-size: 11.5px; }
.fv.fsig { color: var(--red); font-weight: 500; }

/* ── NES chart section ────────────────────────────────────── */
.nes-chart-section {
  margin-top: 18px;
  background: var(--surf);
  border: 1px solid var(--border);
  border-radius: var(--r);
  padding: 14px 16px;
}
#nes-chart-wrap svg { display: block; width: 100%; height: auto; }

/* ── Plot section ─────────────────────────────────────────── */
.plot-section {
  margin-top: 18px; background: var(--surf);
  border: 1px solid var(--border);
  border-radius: var(--r); padding: 14px 16px;
}
.plot-toolbar {
  display: flex; align-items: flex-start;
  justify-content: space-between;
  margin-bottom: 10px; flex-wrap: wrap; gap: 6px;
}
.plot-title-group {
  display: flex; align-items: center; gap: 8px; flex-wrap: wrap;
}
.plot-lbl {
  font-size: 10px; font-weight: 600;
  color: var(--muted); text-transform: uppercase; letter-spacing: .07em;
}
.plot-name {
  font-size: 13px; font-weight: 600; color: var(--blue);
  max-width: 360px; overflow: hidden;
  text-overflow: ellipsis; white-space: nowrap;
}
.plot-db-link {
  font-size: 10.5px; color: var(--blue); text-decoration: none;
  padding: 2px 7px; border: 1px solid var(--border2);
  border-radius: var(--r-sm);
  transition: background .13s; white-space: nowrap;
}
.plot-db-link:hover { background: var(--blue-lt); }

.plot-controls {
  display: flex; align-items: center; gap: 8px; flex-wrap: wrap;
}

.svg-wrap { width: 100%; line-height: 0; overflow: hidden; }
.svg-wrap svg { display: block; width: 100%; height: auto; }

/* ── ES stats row ─────────────────────────────────────────── */
.es-stats {
  display: flex; flex-wrap: wrap; gap: 14px;
  margin-top: 12px; padding-top: 11px;
  border-top: 1px solid var(--border);
}
.es-cell { display: flex; flex-direction: column; gap: 2px; }
.es-lbl {
  font-size: 9.5px; font-weight: 600;
  color: var(--muted); text-transform: uppercase; letter-spacing: .05em;
}
.es-val {
  font-family: var(--mono); font-size: 13px;
  font-weight: 500; color: var(--text);
}
.es-val.pos { color: var(--green); }
.es-val.neg { color: var(--red); }
.es-val.sig { color: var(--red); }

/* ── Tooltip ──────────────────────────────────────────────── */
.svg-tooltip {
  position: fixed;
  background: rgba(22,28,40,.93);
  color: #e4eaf5;
  font-family: var(--mono); font-size: 11px;
  line-height: 1.65; padding: 7px 11px;
  border-radius: var(--r-sm);
  border: 1px solid #2e3f58;
  pointer-events: none; z-index: 9999;
  display: none; max-width: 220px;
  box-shadow: 0 4px 12px rgba(0,0,0,.18);
}

/* ── References ───────────────────────────────────────────── */
.ref-section {
  margin-top: 30px; padding: 16px 18px;
  background: var(--surf);
  border: 1px solid var(--border);
  border-radius: var(--r);
}
.ref-list {
  margin: 0 0 10px 18px;
  font-size: 11.5px; color: var(--text2); line-height: 1.85;
}
.ref-list li       { margin-bottom: 6px; }
.ref-list li a     { color: var(--blue); text-decoration: none; }
.ref-list li a:hover { text-decoration: underline; }
.ref-note          { font-size: 11px; color: var(--muted); margin-top: 6px; }
.ref-note a        { color: var(--blue); text-decoration: none; }
.ref-note a:hover  { text-decoration: underline; }

/* ── jStat badge ──────────────────────────────────────────── */
.jstat-badge {
  font-size: 10px; padding: 3px 9px;
  border: 1px solid var(--border);
  border-radius: 20px; background: var(--surf2);
  color: var(--muted); white-space: nowrap;
}
.jstat-badge.ok  {
  color: var(--green); border-color: #a8d5bc; background: var(--green-lt);
}
.jstat-badge.err {
  color: var(--amber); border-color: #f0d090; background: var(--amber-lt);
}

/* ── Browser note ─────────────────────────────────────────── */
.browser-note {
  font-size: 10px; color: var(--muted);
  padding: 3px 8px; border: 1px solid var(--border);
  border-radius: 20px; background: var(--surf2);
  white-space: nowrap; cursor: help;
}

/* ── Scrollbars ───────────────────────────────────────────── */
::-webkit-scrollbar       { width: 5px; height: 5px; }
::-webkit-scrollbar-track { background: transparent; }
::-webkit-scrollbar-thumb {
  background: var(--border2); border-radius: 99px;
}
::-webkit-scrollbar-thumb:hover { background: var(--muted2); }

/* ── Responsive ───────────────────────────────────────────── */
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